Qeveria u njeh bashkive të drejtën për përcaktimin e ekosistemeve dhe të zonave në territorin e tyre që duhet të mbrohen dhe të planeve të menaxhimit, bashkë me kriteret që përcaktojnë lejimin e aktiviteteve ekonomike dhe nivelet e mbrojtjes së këtyre zonave.

Kriteret në hartimin e këtyre planeve nga ana e Bashkisë janë: të përshkruhet territori i ekosistemeve dhe i habitateve si një kompleks dinamik, duke përfshirë bimësinë, kafshët e mikroorganizmat, pyjet, kullotat, ligatinat, sipërfaqet ujore dhe bregdetare, vlerat e kërcënimet e tyre, të cilat ndërveprojnë ndërmjet tyre si një njësi funksionale, të përshkruhen veprimtaritë ekonomike që janë kërcënuese për zonën; të parashikohen masa rregullatore ose administrative të nevojshme për të shmangur ose për të pakësuar kërcënimet e identifikuara në ekosistem;

Të parashikohen masat për menaxhimin e habitatit, të ekosistemeve, objektivat e menaxhimit, masat e veprimet e menaxhimit, programet e monitorimit, inventarizimit dhe kërkimit shkencor brenda habitateve dhe ekosistemeve.

Veç tyre, mes kushteve është edhe ajo që detyron bashkitë që në hartimin e këtyre planeve të kenë parasysh kohëzgjatjen. Këto plane duhet të jenë të qëndrueshme dhe që shkojnë përtej mandatit të një kryetari apo këshilli bashkiak.

“Të ketë afat zbatimi 10-vjeçar nga njësitë e vetëqeverisjes vendore, komuniteti lokal, si dhe subjektet që ushtrojnë veprimtaritë e miratuara në territorin përkatës”, thotë vendimi i qeverisë.

Ekosistemet dhe habitatet propozohen për t’u shpallur me status mbrojtjeje, nëse territori plotëson, të paktën, njërin prej kritereve të mëposhtme: të ketë diversitet të llojeve me status mbrojtjeje; të ketë dendësi të ulët të llojeve; të ketë vlera shkencore dhe edukative; të përfaqësohet si bioqendra dhe biokorridori me rëndësi rajonale e vendore; të ketë rrezikshmëri të lartë, të cilat janë kërcënuar nga ndërhyrjet e veprimtarive njerëzore, deri në tjetërsimin e habitateve dhe të ekosistemeve; të ketë mundësi për ruajtjen e jetës së egër; të përdoret nga llojet shtegtare; të ketë minimumin kritik të madhësisë së habitatit e të ekosistemit.