Manuel Nojer ka mbyllur vitin futbollistik në atë ndeshje të Kupës së Gjermanisë ku pasi u përplas me Frimpong doli me karton të kuq. Ai kontakt i ka kushtuar shumë portierit gjerman, i cili ka pësuar një frakturë në brinjë.  

Korrik 2008: Frakturë e kockave metatarsale në këmbën e djathtë gjatë një miqësore në fillim të sezonit me Shalken. Kirurgji me një pllakë titani, e cila është ende sot.

Prill 2017: Thyerja e dytë kockave metatarsale në këmbën e majtë në ndeshjen e dytë çerekfinale në Madrid kundër Realit.

Gusht 2017: Thyerja e kockave metatarsale, e dyta në këmbën e majtë. Kirurgjia në Tübingen – me futjen e një pllake titani. Kjo është gjithashtu ende në këmbë.

Shkurt 2022: Kirurgji befasuese në meniskun medial të gjurit të djathtë në Innsbruck nga Prof. Dr. Christian Fink (gjithashtu e operoi Hernandez dy herë, Sané, Mané, Süle, Goretzka dhe Kimmich). Rehabilitimi shkoi në mënyrë perfekte, vetëm një muaj pushim.

Dhjetor 2022: Frakturë e tibisë dhe fibulës së djathtë pas rrëzimit duke bërë ski në Roßkopf. Transporti me helikopter. Kirurgjia nga specialisti i kyçit të këmbës Dr. Johannes Gabel në Klinikën e Aksidenteve BG Murnau. Qëndroi jashtë fushave prej rreth gjashtë muajsh.